Keď značnú časť Horného Uhorska (dnešného Slovenska) obsadili kurucké vojská, cisár Leopold l., aby demonštroval úsilie o zmier, na uhorský snem v Šoproni pozval aj knieža Imricha Tökölyho, kuruckého vodcu.
Oficiálne cisár deklaroval vyhlásenie amnestií, šľachte vrátil výsady a obnovil mestské práva. Náboženské požiadavky však neriešil. Povstalci preto, aby ho donútili k ústupkom, boje proti cisárskemu vojsku nezastavili.

Leopold preto pre pokoj v krajine povolil slobodu vierovyznania (nie však pre poddaných) a vyhnaní protestantskí kňazi sa mohli vrátiť. Evanjelikom sa mali navrátiť odobraté kostoly a povolilo sa im stavať aj nové tzv. artikulárne. Názov vychádza z toho, že museli spĺňať podmienky zákonného článku - artikuly č. 25. Podľa nej sa evanjelikom povoľovalo v každej stolici neobsadenej Turkami postaviť po dva chrámy, ale i tie museli spĺňať pomerne prísne obmedzenia.
Napriek týmto sľubom cisárska komisia v Bratislave vykázala evanjelikov na predmestie, na dnešnú Panenskú ulicu. Tu sa konali obrady najskôr pod holým nebom, neskôr si evanjelici postavili drevený kostol, ktorý slúžil svojmu účelu sto rokov.
Dodnes sa na Slovensku zachovalo 5 artikulárnych drevených kostolov: vo Svätom Kríži (pôvodne stál v Paludzi, odkiaľ ho kvôli Liptovskej Mare museli presťahovať), Leštinách, Istebnom, Hronseku a Kežmarku.
Kurucké výboje boli namierené proti Habsburgom a preto ich podporovali aj Turci. Po spoločnom dobytí Fiľakovského hradu Ibrahim paša korunoval Tökölyho (ako tureckého vazala) za kráľa Horného Uhorska. Maďari ho preto zvykli prezývať Tót király – Slovenský kráľ.
Keď potom v Belehrade sultán na znamenie svätej vojny odovzdal zelenú prorokovu zástavu Kara Mustafovi, obrovské štvrť miliónové osmanské vojsko sa pohlo dobyť Viedeň. Tököly dostal za úlohu dobyť Bratislavu a zabrániť poľskému kráľovi Jánovi III. Sobieskemu spojiť sa s obrancami Viedne.

Po zaujatí Trnavy, Modry a Svätého Jura kráľ Horného Uhorska spolu s pomocnými tatárskymi a osmanskými oddielmi pritiahol k mestu. Utáboril sa pred hradbami na miestach dnešnej Krížnej ulice a cisárskeho veliteľa vyzval, aby mu mesto vydal.
Keď odmietol, 25. júla 1683 sa začalo ostreľovanie. Vyhorelo Schöndorfské predmestie (Obchodná, Špitálska, Dunajská ulica), navyše vypukol mor a mesto kapitulovalo.
Mešťania síce za vysoký poplatok dostali prísľub, že sa nebude rabovať, ale keď sa hrad nevzdal, kuruci začali rabovať a podpaľovať predmestia. Vo vinohradníckych pivniciach rozbíjali sudy, takže sa vraj až po kolená brodili vínom.
Útok na dobre opevnený hrad cisárska posádka odrazila a kuruckých povstalcov napokon zahnal na útek Karol Lotrinský, ktorý prišiel mestu na pomoc. Turci medzitým po pravej strane Dunaja postupovali na Viedeň. Veľké škody im spôsobovalo delostrelecké ostreľovanie z hradu a obratné štíhle lode - čajky, ktoré prepadávali a ničili turecké zásobovacie plavidlá.
Po porážke Turkov pri Viedni sa Ján lll. Sobiesky stretol v Bratislave s cisárom Leopoldom. Pokúsil sa sprostredkovať mier s Tökölym, ale cisár ponuku odmietol.
