Po dlhom a zložitom období vývoja stavby počas gotiky bol jeho interiér v prvej polovici 18. storočia zariadený v barokovom slohu. V druhej polovici 19. storočia ho zbavili barokovej výzdoby a nahradili ju neogotickou. Obdivuhodne je zachovaný barokový mobiliár sakristie z polovice 18. storočia, ktorý sa v rámci obnovy tiež reštauruje. Neskôr ho vrátia na miesto a bude plniť svoju pôvodnú funkciu. Kedže dóm bol postavený na mieste starého cintorína, tradícia pochovávania sa tu zachovávala až do 19. storočia – len sa preniesla pod zem. V tmavých katakombách odpočívajú významné osobnosti. Nachádza sa tu aj prázdna rakva Andreja Hlinku, ktorú v roku 1968 prestrelili sovietski vojaci.