– 17. augusta 1879 vznikol veľký požiar v kláštore Alžbetiniek na Špitálskej ulici, ktorý sa preniesol aj na budovu kostola. Hasiči, vojaci i prítomní občania najprv zachraňovali chorých z nemocnice, potom hasili budovu kláštora. Do celkovej lokalizácie požiaru zhorela baroková kopula a zvonica veže kostola. Podarilo sa však zabrániť celkovému vyhoreniu kostola. V roku 1893 budovy opravili a roku 1901 obnovili strechu veže. V roku 1944 boli obe budovy znovu veľmi poškodené pri bombardovaní mesta, ale v nasledujúcich rokoch ich znovu opravili.
– 17. 8. 1959 hladina Dunaja vystúpila v Bratislave na 806 cm. (joko)