Prvý záznam o bratislavskej synagóge dokumentuje list pápeža Benedikta XII. ostrihomskému arcibiskupovi Csanádovi Telegdimu z 13. novembra 1335. Písal mu o sťažnosti mníchov cisterciánov, ktorých modlitby v kaplnke rušil hluk z neďalekej židovskej modlitebne. Pápež prikázal záležitosť vyšetriť, a ak je ponosa oprávnená, synagóga sa mala odstrániť.
Lokalitu, kde sa prvá synagóga nachádzala, nepoznáme, ale boli objavené dve architektonické torzá, ktoré by mohli byť súčasťou objektov slúžiacich v stredoveku židovskej komunite.
Prvým je malý gotický portál s hebrejskými písmenami v tympanone, nájdený na Panskej ulici 11, v objekte dnešnej kaplnky Kristovho tela a mohol by byť súčasťou svätostánku Aron ha kodeš.
Je pravdepodobné, že po týchto udalostiach boli Židia nútení presťahovať sa na východnú stranu osídlenia k dnešnej Uršulínskej ulici, kde sú doložené gotické okná a časť klenby, ktoré by mohli byť súčasťou objektov geta.
