Hoci Fakultná nemocnica zrušila v decembri 2004 tuberkulózny ústav v Podunajských Biskupiciach, detskí pacienti sú tu aj v súčasnosti. Kam ich presťahujú, zatiaľ nie je rozhodnuté. „Zvažujeme niekoľko alternatív, medzi nimi aj presun detskej kliniky do nemocnice na Kramároch,“ povedala hovorkyňa ministerstva zdravotníctva Silvia Balázsiková. Proti tomu sú však členovia Klubu cystickej fibrózy. „Na Kramároch nie sú hygienické podmienky vhodné pre pacientov s cystickou fibrózou, nie je tam špecializovaný personál ani podmienky na to, aby bol rodič s dieťaťom v nemocnici, čo je pri tejto chorobe veľmi dôležité,“ hovorí Jaroslav Lexa z klubu. Dodáva, že detskí pacienti s touto diagnózou potrebujú špecializované pracovisko. „Nežiadame nadštandard, chceme však, aby nám vybudovali také isté podmienky ako v Podunajských Biskupiciach, čo sme dohodli v Národnej rade v roku 2005.“
Bývalé vedenie Fakultnej nemocnice väčšinu tuberkulózneho ústavu presťahovalo do zrekonštruovanej budovy bývalej Liečebne pre dlhodobo chorých v Ružinove. Detskú kliniku plánovalo presunúť do jej nadstavby. Na to pristúpil aj Klub CF. Za výhodu považovali mnohí lekári aj fakt, že pneumológia pre dospelých mala byť v jednej budove s detskou. Nadstavbu však ani nezačali stavať a súčasné ministerstvo zdravotníctva tvrdí, že na ňu nie sú peniaze, lebo nebola zahrnutá do investičného plánu na tento rok.
Na vybudovanie kliniky detskej pneumológie a ftizeológie v Ružinove chcelo vedenie Fakultnej nemocnice od ministerstva 101 miliónov korún. Je to takmer trojnásobok sumy, za ktorú pôvodne chcelo dostavbu zrealizovať predchádzajúce vedenie a riaditeľ Valerián Potičný. Na tento účel vtedy ministerstvo schválilo požadovaných 40 miliónov, realizácia sa však nezačala.
Suma sa zvýšila preto, že projekt, ktorý rátal len s vybudovaním centra detskej cystickej fibrózy, rozšírili o dobudovanie časti kliniky plastickej chirurgie na štvrtom poschodí (rázštepové centrum). Tiež pribudol zámer zatepliť celý objekt.
Budovy bývalého Národného ústavu tuberkulózy a respiračných chorôb v Biskupiciach chce po ich uvoľnení Fakultná nemocnica ponúknuť na predaj.
