Kvalita vody v rieke Morava je ovplyvňovaná znečistením jej prítokov Myjava, Teplica a Mláka a v porovnaní s kvalitou vody v Dunaji je o jeden stupeň horšia. Morava tak podľa Slovenskej agentúry životného prostredia privádza do Dunaja vody s obsahom fosforu, chlorofylu, baktérií a ortuti. Znečistenie súvisí okrem iného s veľkou koncentráciou petrochemického priemyslu v regióne a s vypúšťaním odpadových vôd do prítokov. (lin)