Obnova a revitalizácia budov Univerzitnej knižnice si podľa expertízy, ktorú objednalo ministerstvo kultúry, vyžiada zvýšenie predpokladaných nákladov 361,3 milióna korún o ďalších vyše 135 miliónov. Ministerstvo preto predložilo návrh na navýšenie rozpočtu. Predpokladaná doba dostavby objektov sa tiež predĺžila. V prípade palácov na Michalskej 1, Ventúrskej 11 13, ktoré mali byť zrekonštruované do konca roku 2003, sa termín posunul na august 2004.
Rekonštrukcia skladov knižnice Lisztovho pavilónu a záhrady by mala byť hotová v marci 2005. Nemá to však ovplyvniť plánované otvorenie knižnice pre verejnosť v roku 2004, pretože sklady knižnice nebudú prístupné verejnosti vôbec a akcie v Lisztovom pavilóne a záhrade sa majú uskutočniť až počas Kultúrneho leta v roku 2005.
Pôvodný realizačný projekt sa musel zmeniť pre nepredvídané statické a pamiatkové nálezy v rekonštruovaných historických objektoch. Nové pamiatkové nálezy boli objavené pri búracích prácach a vyžiadali si umelecko-remeselné ošetrenie či zmenu technológie rekonštrukcie.
V objekte kláštora klarisiek objavili pri prácach pôvodnú výzdobu kláštora. V palácoch Uhorskej kráľovskej komory zistili pri rekonštrukcii aj výrazné deformácie budovy.
V Lisztovej záhrade Univerzitnej knižnice počas stavebných prác odkryli základy hospodárskej stavby zo stredoveku a iné archeologické nálezy. Zachovanie nálezov v rámci objektu si vyžaduje zmenu koncepcie projektu a vznikli tiež dodatočné požiadavky na vytvorenie nových priestorov na skladovanie kníh podzemných skladov.
